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查查了语法书
问题1
补格助词で接在体言后作补语，表示主体行为的场所、方式、方法、范围、原因、手段等。
补格助词に同样作补语，表示行为动作的时间、空间、间接对象等。
で表示一个场所，に强调是一个空间吧，进到一个空间里。
问题2
［を出る］是个固定用法。以前老师有讲过，忘了是怎么说的，只要求我们要这么记住。类似的还有一个［を通る］，如道を通る
问题3
［新干线で］的で表示一种交通工具，如乘坐飞机、铁路等。但具体到如JR，表示你在这个空间里，用に可能更恰当些。